Editura Trei a început să publice în 1994, pornind de la inițiativa a trei persoane unite de interesul pentru psihologie, cultură și cunoașterea omului. Între cofondatori se numără psihanalistul și profesorul Vasile Dem. Zamfirescu și editorul Silviu Dragomir, care a evocat ulterior începuturile proiectului și originea numelui „Trei”. Editura s-a remarcat mai întâi prin psihanaliză, psihologie, filosofie și științe sociale, înainte de a se extinde către ficțiune și cărți pentru copii.
O contribuție semnificativă la cultura de specialitate din România a reprezentat-o colecția „Biblioteca de psihanaliză”, coordonată din 1994 de Vasile Dem. Zamfirescu, care a pus în circulație traduceri și studii ale lui Sigmund Freud și Carl Gustav Jung. Colecțiile dedicate psihanalizei și psihoterapiei au oferit atât lucrări fundamentale, cât și volume de cercetare sau formare profesională. Ulterior au fost dezvoltate și direcții de psihologie aplicată, relații, parenting și dezvoltare personală, adresate unui public mai larg.
În timp, Trei a construit un portofoliu consistent de ficțiune tradusă, prin serii și colecții precum „Fiction Connection”. În catalog au apărut romane polițiste și thrillere de Jo Nesbø, Camilla Läckberg și Lee Child, alături de literatură contemporană și romane care urmăresc viața psihologică a personajelor.
Creșterea editurii a condus la formarea unui grup editorial. Pandora M, integrată în grup, a dezvoltat literatura pentru copii, adolescenți și tineri adulți, în timp ce Anansi. World Fiction este un proiect specializat în literatura universală. Aceste mărci sunt distincte de editura-mamă, deși pot fi întâlnite în aceeași rețea de distribuție sau în ofertele comune ale grupului.
Editura Trei ocupă un loc aparte în peisajul românesc prin faptul că a pornit de la un program riguros de psihanaliză și a ajuns să publice într-o gamă largă de domenii, păstrând atât literatura de specialitate, cât și cărțile de ficțiune cu circulație internațională.